Oral yolla siprofloksasin ile birlikte demir, sukralfat veya antasitler ve kuvvetli tamponlanmış ilaçlar (antiretroviral ilaçlar) ile magnezyum, aluminyum veya kalsiyum içeren ilaçlar alındığında siprofloksasin absorbsiyonu azalır. Birlikte kullanımı gerektiğinde siprofloksasin diğer ilaçlardan 1-2 saat önce veya en az 4 saat sonra verilmelidir.Bu sınırlama H2 reseptör blokeri sınıfı antasit ilaçlar için geçerli değildir.Siprofloksasin ve teofilinin tekrarlanmış uygulamaları serum teofilin düzeyinde arzu edilmeyen artışa yol açabilir. Bu durumda teofiline ait yan etkiler ortaya çıkabilir ve nadiren bu etkiler hayati veya öldürücü olabilir. Eğer iki ürünün tekrarlanmış şekilde kullanımı gerekiyorsa serum teofilin düzeyi izlenmeli ve teofilin dozu uygun şekilde azaltılmalıdır. Hayvan çalışmalarında çok yüksek dozlarda kinolonların (giraz inhibitörleri) ve bazı steroid olmayan antienflamatuvar ilaçların (asetilsalisilik asit değil) kombine kullanımının konvülsiyonları provoke ettiği görülmüştür.Eş zamanlı siprofloksasin ve siklosporin verildiğinde serum kreatinin düzeyinde geçici yükselme gözlenmiştir. Bu nedenle bu hastaların serum kreatinin düzeyleri haftada iki kere kontrol edilmelidir.Warfarin ile siprofloksasinin birlikte kullanımı warfarinin etkisini arttırabilir.Özel vakalarda birlikte siprofloksasin ile glibenklamid kullanımı, glibenklamidin etkisini (hipoglisemi) arttırabilir.
Probenesid, siprofloksasinin renal atılımını engeller. Birlikte kullanımı siprofloksasinin serum konsantrasyonunun yükselmesine yol açar.Metoklopramid, oral siprofloksasinin absorbsiyonunu hızlandırır ve maksimum kan düzeyine daha kısa sürede ulaşmasına neden olur. Ancak siprofloksasinin biyoyararlanımı üzerine etkisi yoktur.
