Genellikle sultamisilin iyi tolere edilir. Gözlenen yan etkilerinin çoğu, hafif ve orta şiddette olup, tedavi süresince normal olarak tahammül edilir.
Gastro-intestinal - En sık görülen yan etki diyare / yumuşak gaitadır. Bulantı, kusma, epigastrik rahatsızlık, karın ağrıları - krampları nadiren gözlenmiştir. Diğer ampisilin sınıfı antibiyotiklerle de olduğu gibi, enterokolit ve pseudomembranöz kolit ender olarak oluşabilir.
Deri/Deri yapıları - Deri döküntüsü ve kaşıntı seyrek olarak gözlenmiştir.
Muhtelif - Sersemlik hali / sedasyon, yorgunluk / halsizlik ve baş ağrısı ender olarak gözlenmiştir. Enfeksiyöz mononükleoz viral kaynaklı olduğundan, tedavide ampisilin kullanılmamalıdır. Ampisilin alan mononükleozlu hastaların büyük bir yüzdesinde deri döküntüsü görülür. Ampisilin kullanımına bağlı yan etkilerin arasıra gözlenmesi beklenebilir.