Puregon ile tedavi edilen hastaların % 5'inde istenmeyen overyen hiperstimulasyon görülmüştür. Bu sendromun karakteristik semptomları uyarılarda açıklanmıştır. Puregon 'un intramüsküler ya da subkütan yoldan klinik kullanımı sonrası, enjeksiyon bölgesinde çoğu hafif derecede olmak üzere morarma, ağrı, kızarıklık, şişme ve kaşıntı gibi reaksiyonlar görülebilir. Jenerelize reaksiyon gözlenmemişitir. Tedavi süresince follitropin beta ya da konak hücre kaynaklı proteinlere karşı antikor oluşumuna rastlanmamıştır. Çoğu gebelik ve ektopik gebelik riskinde çok hafif bir artış saptanmıştır.
Menotropin/insan koriyonik gonadotropin (hCG) tedavisi uygulanan hastalarda nadir olarak arteriotromboembolizm görülmüştür. Bu durum Puregon / hCG tedavisinde de oluşabilir.