Omeprazid kapsül genellikle iyi tolere edilir.
%1 ya da daha fazla oranda görülen yan etkiler baş ağrısı, diyare, karın ağrısı, bulantı, gaz, baş dönmesi parestezi, halsizlik, ağız kuruluğu, ciltte döküntüdür. %1’den az oranda görülen ve bir çok durumda omeprazol ile ilişkisi tam olarak ortaya konulmamış yan etkiler; ateş, ağrı, yorgunluk, göğüs ağrısı, taşikardi, pankreatit, irritabl kolon, hiponatremi, hipoglisemi, kas krampları, miyalji, uykusuzluk, sinirlilik, tremor, epistaksis, raş, toksik epidermal nekroliz, kulak çınlaması, intertisyel nefrit, nadiren pansitopeni ve agranülositoz, bilirübin, ALP, SGOT, SGPT düzeylerinde orta dereceli, nadiren ciddi yükselme şeklindedir.
Yan etki görülme sıklığı 65 yaş üstü ve 65 yaş altındakiler arasında bir farklılık gözlenmemiştir.
Bu yan etkiler genellikle hafif ve geçicidir.
Omeprazol ve klaritromisin kombinasyon tedavisinde bu kombinasyona mahsus yan etki gözlenmemiştir. Görülen yan etkiler omeprazol ya da klaritromisinin yan etkileri ile sınırlıdır.
