Nizoral kullanımı ile ilgili en sık bildirilen yan etkiler dispepsi, bulantı, karın ağrısı ve diyare gibi gastro-intestinal yakınmalardır. Daha nadir bildirilen yan etkiler başağrısı, karaciğer enzimlerinde geçici yükselme, adet düzensizlikleri, göz kararması, fotofobi, parestezi ve alerjik reaksiyonlardır.
Çok nadiren bildirilen yan etkiler ise trombositopeni, alopesi, impotans ve kafa içi basınçta reversibl artıştır (papilla ödemi gibi). Önerilen terapötik dozların, günde 200-400 mg'ın üzerinde Nizoral kullanan az sayıda hastada geçici jinekomasti ve oligospermi gözlenmiştir. Günde tek doz 200 mg kullanım sırasında, plazma testosteron düzeyinde geçici bir düşme görülebilir. Nizoral tabletin alınmasından 24 saat sonra testosteron düzeyi normale döner. Bu doz miktarıyla yürütülen uzun süreli tedavilerde, testosteron düzeyi genellikle kontrol grubu ile anlamlı bir fark göstermez. Nizoral tedavisi sırasında nadiren hepatit (büyük bir olasılıkla idiyosinkratik olarak) gelişebilir. Bu tür bir yan etki tedavinin hemen kesilmesiyle düzelir.Allerjik reaksiyonlar, baş ağrısı, bulantı, hepatotoksisite, jinekomasti ve impotans gibi yan etkiler görülebilir.
