Dermatofitlerin ve/veya mayaların deride, saçlarda ve tırnaklarda neden oldukları, yerleşimi ya da yayılımı nedeniyle topikal tedavinin mümkün olmadığı veya derinin derin tabakalarının etkilendiği ya da lokal tedavinin etkisiz kaldığı, dermatomikoz, onikomikoz, Candida perionyxis, pityriasis versicolor, pityriasis capitis, Pityrosporum folliculitis, kronik mukokutanöz kandidoz gibi enfeksiyonların tedavisinde; sindirim sisteminin maya enfeksiyonlarında; lokal tedaviye yanıt vermeyen, kronik, nükseden vaginal kandidozda; sistemik kandidoz, parakoksidiyoidomikoz, histoplasmoz, koksidiyoidomikoz, blastomikoz gibi sistemik fungal enfeksiyonlarda; kalıtsal olarak, hastalık ya da kullanılan ilaçlar nedeniyle fungal enfeksiyon riskinin yüksek olduğu, bağışıklık sistemi yetersiz hastaların profilaktik tedavisinde kullanılır. Ketokonazolün merkezi sinir sistemine geçişi iyi olmadığından, fungal menenjit tedavisinde oral yoldan ketokonazol kullanılmamalıdır.
