Lidokain % 5 pomad'ın sistemik yan etki gözterme ihtimali çok düşüktür. Bununla beraber diğer lokal anesteziklerle de olduğı gibi uygulanan yere, miktarına, uygulama sıklığına veya aşırı duyarlılığa bağlı olarak plazma seviyesinin yükselmesi nedeni ile yan etkiler görülebilir.
Bu tür vakada bu etkiler görülmeyebilirse de ilk belirtiler baş dönmesi, eksitasyon ve/veya depresyon, sinirlilik, bulanık görme, tremor, konvülziyondur. Şuur kaybına meyil, solunum durması, bu müstahzarın toksisitesi sırasında gelişen belirtilerdir. Kardiyovasküler reaksiyonlar depresandır. Hipotansiyon, miyokardial depresyon, bradikardi ve kardiyak arrest olabilir.
Toksik belirtilerin kontrolünde solunum yollarının açık tutulması gerektiğinde oksijen verilmesi ve suni teneffüs gibi önlemler vakaların büyük bir bölümünde yeterli olmaktaysa da konvülsiyonların varlığı halinde nadiren antikonvülzan uygulanması gerekebilir. Benzodiazepin (diazepam gibi), çok kısa etki süreli barbitüratlar (pentobarbital veya sekobarbital) verilebilir. Ayrıca kardiyovasküler sistem için I.V. sıvılar ve/veya vasopressörler (efedrin) verilebilir. Lokal anesteziklere karşı allerjik reaksiyonlar oluşabilir. Bunlar anaflaktoid reaksiyonlar, ürtiker, ödem şeklinde olabilir.
