Nefrotoksisite: İdrarda silindirler, hücreler veya proteinin varlığı veya BUN, NPN, serum kreatininin artışı ya da oligüri ile kendini gösteren, böbrekle ilgili advers etkiler bildirilmiştir. Bunlar, böbrek bozukluğu öyküsü bulunan hastalarda ve önerilenden daha yüksek dozlar veya daha uzun sürelerle tedavi edilen hastalarda daha sık ortaya çıkar.
Nörotoksisite: Sekizinci kafa çifti sinirlerinin gerek vestibüler gerekse odituvar dallarında, öncelikle böbrek bozukluğu (özellikle eğer dializ gerekiyorsa) bulunan hastalarda ve yüksek doz ve/veya uzun süreli tedavi alan hastalarda ciddi advers etkiler bildirilmiştir. Baş dönmesi, tinnitus, vertigo, kulak uğultusu ve işitme kaybı (diğer aminoglikozidlerle de olduğu gibi geri dönüşsüz) görülen semptomlar arasındadır. Aşırı dozların uygulanması, dehidratasyon ve daha önce başka ototoksik ilaçların kullanılmış olması, toksisite riskini artıran diğer faktörlerdir. Uyuşma, karıncalanma, kas seğirmeleri, konvülziyonlar ve myastenia gravis benzeri bir sendrom dahil olmak üzere periferik nöropati ve ensefalopati de bildirilmiştir. Böbrek fonksiyonları normal olan ve önerilenden daha yüksek dozlar veya daha uzun süreli tedavi almayan hastalarda toksisite riski düşüktür. Solunum depresyonu, letarji, konfüzyon, depresyon, görme bozukluğu, iştah azalması, kilo kaybı, hipotansiyon ve hipertansiyon, raş, kaşıntı, ürtiker, yaygın yanma hissi, larinks ödemi, anafilaktik reaksiyonlar, ateş, başağrısı, bulantı, kusma, tükrük salgısı artışı, stomatit, psödotümör serebri, akut organik beyin sendromu, pulmoner fibroz, alopesi, eklem ağrısı, geçici hepatomegali ve splenomegali, gentamisinle ilişkili olması muhtemel olarak bildirilmiş diğer advers reaksiyonlardır. Gentamisinle ilişkili olması muhtemel laboratuvar anormallikleri arasında serum transaminazları, serum LDH ve bilirubinde yükselme, serum kalsiyum, magnezyum, sodyum ve potasyumunda düşme, anemi, lökopeni, granülositopeni, geçici agranülositoz, eozinofili, retikülosit sayısında artma veya azalma ve trombositopeni bulunur.