Famotidin genellikle iyi tolere edilir. İlaç tedavisi gören hastaların %1'inden fazlasında, ilaca bağlı olabilen aşağıda belirtilen yan etkiler ortaya çıkmaktadır.
Baş ağrısı, baş dönmesi, kabızlık, ishal. Klinik çalışmalarda famotide bağlı oldukları kesin olarak saptanmamakla birlikte nadiren aşağıdaki yan etkiler de bildirilmiştir.
Genel: Ateş, yorgunluk
Kardiovasküler : çarpıntı, A-V blok, aritmi,
Gastrointestinal : tıkanma sarılığı, karaciğer enzim anormallikleri, bulantı, kusma, iştahsızlık, ağız kuruluğu, karında rahatsızlık hissi,
Hematolojik : agranülositozis, pansitopeni, lökopeni, trombositopeni,
Aşırı duyarlılık : orbital veya fasial ödem, konjuktival konjesyon, anafilaksi, anjioödem,
Kas iskelet sistemi : artraji, kas-iskelet ağrısı,
Sinir sistemi/Psikiatrik : grandmal nöbetler, halüsinasyon, konfüzyon, ajitasyon, depresyon, sıkıntı, libido azalması, parestezi, uykusuzluk, uykuya meyil,
Solunum sistemi : bronkospazm,
Deri : alopesi, akne, kaşıntı, kuru cilt, flushing,
Diğer :kulakta çınlama, tat bozukluğu, proteinüri, bun ve serum kreatinin konsantrasyon artışları.