Gastrointestinal sistem : Nadiren şiddetli ve uzun süreli olan ilacın kesilmesini gerektirebilecek diyare görüldüğü bildirilmiştir. 200mcg’ı geçmeyen dozlarda ve besinlerle birlikte almak, antasit kullanmak gerektiğinde esas olarak magnezyum içeren antasitlerden kaçınmak suretiyle bu yan etki çok azaltılabilir.
Misoprostol tedavisinden sonra dispepsi veya diyare ile ilişkili veya onlarla ilişkili olmaksızın karın ağrısı görülebilir.
Bildirilen diğer yan etkiler dispepsi, gaz, bulantı ve kusmadır.
Kadın üreme sistemi : pre-ve post-menopozal kadınlarda menoraji, vajinal kanama ve menstruasyonlar arası dönemlerde kanama bildirilmiştir.
Diğer yan etkiler: Deri döküntüleri, seyrek olarak sersemlik bildirilmiştir.
Cytotec nonsteroid antienflamatuar bir ilaç ile birlikte verildiğinde de bu yan etkilere benzer yan etkiler görülebilir.