Ciproxin ve teofilinin birlikte kullanımı, plazmadaki teofilin konsantrasyonunun
artmasına neden olabilir ve teofiline bağlı olarak yan etkiler görülebilir. Eğer her iki ilacın birlikte uygulanması kaçınılmaz ise, teofilinin serum konsantrasyonu kontrol edilerek dozu gereğince azaltılmalıdır. Hayvan deneylerinde çok yüksek doz kinolonlar (jiraz inhibitörleri) ile belirli non-steroidal anti-enflamatuar ilaçların (Asetilsalisilik asit hariç) kombine kullanımının konvülsiyonlara yol açabildiği bildirilmiştir.Ciproxin ve siklosporin birlikte verildiğinde, serum kreatinin konsantrasyonunun geçici olarak yükseldiği gözlenmiştir. Bu nedenle bu hastalarda düzenli olarak (haftada 2 kez) serum kreatinin konsantrasyonunun kontrol edilmesi gerekmektedir.Ciproxin ve varfarinin birlikte verilmesi, varfarinin etkisini arttırabilir.
Ciproxin ve glibenklamidin birlikte kullanılması, glibenklamidin etkisini arttırıp hipoglisemiye yol açabilir.Probenesid, Ciproxin'in renal ekskresyonunu etkileyebileceğinden, serum konsantrasyonunda artışa sebep olabilir. Metoklopramid, Ciproxin'in emilimini hızlandırarak daha kısa bir sürede maksimum plazma konsantrasyonuna ulaşmasını sağlar.
Ciproxin'in bioyararlılığı üzerinde herhangi bir etki gözlenmemiştir.