Ciproxin, siprofloksasin'e duyarlı mikroorganizmaların neden olduğu ciddi ve komplike üriner sistem (örn. Chlamydia'ların sebep olduğu enfeksiyonlar) ve solunum sistemi (örn. Streptokokkal pnömoni) enfeksiyonları, cerrahi enfeksiyonlar ve özellikle psödomonas, stafilokok veya streptokokların mevcudiyetinde ağır ve hayati tehlikenin söz konusu olduğu enfeksiyonlar, örn.
-kistik fibrozda tekrarlayan enfeksiyonlar
-kemik-eklem, deri ve yumuşak doku enfeksiyonları
-septisemi
-peritonit'te endikedir.
Ciproxin bakterisid etkiye sahiptir. In vitro araştırmarların sonuçlarına dayanılarak, aşağıdaki bakteriler Ciproxin'e karşı hassas kabul edilir :E. Coli, Shigella, Salmonella, Citrobacter, Klebsiella, Enterobacter, Serratia,Hafnia, Edwardsiella, Proteus (indol-pozitif ve indol-negatif), Providencia,Morganella, Yersinia, Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas, Pasteurella,Haemophilus, Campylobacter, Pseudomonas, Legionella, Neisseria,Moraxella, Branhamella, Acinetobacter, Brucella, Staphylococcus, Listeria,Corynebacterium, Chlamydia.
Aşağıdakiler değişen derecelerde hassastır:Gardnerella, Flavobacterium, Alcaligenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus faecalis, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus viridans, Mycoplasma hominis, Mycobacterium tuberculosis ve Mycobacterium fortuitum.
Aşağıdakiler genellikle dirençlidirler:Enterococcus faecium, Ureaplasma uraelyticum, Nocardia asteroides.Anaerobların duyarlılığı, bazı istisnalar dışında, orta derecede hassas (örn. Peptococcus, Peptostreptococcus) ile dirençli (örn. Bacteroides) olmak arasında değişmektedir.Siprofloksasin, Treponema pallidum'a karşı etkin değildir.