Magnezyum, aluminyum veya kalsiyum hidroksit içeren antasitler, sukralfat
veya demir preparatları oral olarak kullanılan siprofloksasin'in
absorbsiyonunu azaltırlar. Bu nedenle antiasitler Ciproxin kullanımından 1-2 saat önce yada 4 saat sonra alınmalıdır. Bu durum H2-reseptör bloker grubuna ait antasitler için geçerli değildir.Ciproxin ve teofilinin birlikte kullanımı, plazmadaki teofilin konsantrasyonunun artmasına neden olabilir ve teofiline bağlı olarak
yan etkiler görülebilir. Eğer her iki ilacın birlikte uygulanması kaçınılmaz ise, teofilinin serum konsantrasyonu kontrol edilerek dozu gereğince azaltılmalıdır.
Hayvan deneylerinde çok yüksek doz kinolonlar (jiraz inhibitörleri) ile belirli non-steroidal anti-enflamatuar ilaçların (Asetilsalisilik asit hariç) kombine kullanımının konvulsiyonlara yol açabildiği bildirilmiştir. Ciproxin ve siklosporin birlikte verildiğinde, serum kreatinin konsantrasyonunun geçici olarak yükseldiği gözlenmiştir. Bu nedenle bu hastalarda düzenli olarak (haftada 2 kez) serum kreatinin konsantrasyonunun kontrol edilmesi gerekmektedir. Ciproxin ve varfarinin birlikte verilmesi, varfarinin etkisi arttırabilir. Ciproxin ve glibenklamidin birlikte kullanılması, glibenklamidin etkisini arttırıp hipoglisemiye yol açabilir. Probenesid, Ciproxinin renal sekresyonunu etkileyebileceğinden, serum konsantrasyonunda artışa sebep olabilir. Metoklopromid, Ciproxinin emilimini hızlandırarak daha kısa bir sürede maksimum plazma konsantrasyonuna ulaşmasını sağlar.
Ciproxinin bioyararlılığı üzerinde herhangi bir etki gözlenmemiştir.