Klinik çalışmalarda bildirilen yan etkilerin bir çoğu hafif veya orta derecelidir ve ilacın kesilmesinin ardından ortadan kalkmışlardır. Çoklu doz uygulanan klinik çalışmalardan elde edilen sonuçlara göre yetişkin ve çocuk toplam hastaların % 0.7 kadarında ilaca bağlı yan etkiler nedeniyle azitromisin tedavisi kesilmiştir. İlacın kesilmesine neden olan yan etkilerin birçoğu gastrointestinal sistem ile ilgili
bulantı, kusma, diyare veya abdominal ağrı gibi şikayetlerdir. Azitromisin tedavisi sırasında yetişkin hastalarda en sık ortaya çıkan yan etkiler bulantı (% 3), diyare (% 5) ve abdominal ağrı(%3) gibi gastrointestinal sistem ile ilgili şikayetlerdir. Azitromisin'in çoklu doz uygulamasında hastalarda % 1 den daha büyük sıklıkla başka bir yan etki gözlenmez. % 1 ve daha az sıklıkla gözlenen yan etkiler şunlardır: Yorgunluk, göğüs ağrısı, çarpıntı, dispepsi, flatulans, melena, kolestatik sarılık, kusma, monilia, vajinit, nefrit, baş dönmesi, baş ağrısı, somnolans, raş, ışığa duyarlılık reaksiyonları, anjioödem.
