Bulantı, kusma ve diyare genellikle oral kullanıma bağlı olarak görülen gastrointestinal yan etkilerdir. Diğer penisilinlerle olduğu gibi hipersensitiviteye bağlı reaksiyonlar oluşabilir. Bu tip reaksiyonlar penisiline aşırı duyarlılık durumlarında veya allerji, astım saman nezlesi veya ürtikeri olanlarda daha sık görülür. Aşırı duyarlılık reaksiyonları eritematöz makülopapüler deri döküntüleri ve ürtiker şeklindedir. Ürtiker ve diğer döküntüleri ile serum hastalığı benzeri reaksiyonlar antihistaminik ve gerekirse sistemik kortikosteroid uygulanması ile kontrol altına alınabilir. Gerekirse ilaç alımı kesilmelidir. Hafif bir SGOT artışı bildirilmiş olmakla beraber klinik önemi bilinmemektedir. Ayrıca S.S.S. ile ilgili yan etkiler tespit edilmiştir. (hiperaktivite, ajitasyon, anksiete, insomnia, konfüzyon, baş dönmesi) Tedavi sırasında anemi, trombositopeni, trombositopenik purpura,eozinofili- lökopeni ve agranülositoz bildirilmiştir. İlacın kesilmesi ile düzelen bu belirtilerin aşırı duyarlılık reaksiyonu olduğu düşünülebilir. Enfeksiyöz mononükleozda kullanılmamalıdır. Amoksisilin uygulanan enfeksiyöz mononükleozlu hastalarda yüksek oranda deri döküntüsü bildirilmiştir.
