En yaygın yan etkiler (insidansı ≥ 15 olan ve plasebodan iki kat daha sık görülenler) ishal, adale krampları, halsizlik, bulantı, kusma ve uykusuzluktur.
Diğer yan etkiler (insidansı ≥ 5 ve ≥ plasebo olanlar) baş ağrısı, ağrı, kaza, soğuk algınlığı, abdominal rahatsızlık ve sersemliktir.
Senkop, bradikardi, seyrek vakada sinoatrial blok, atrioventriküler blok ve konvülsiyonlar rapor edilmiştir.
Nadir olarak hepatiti de içeren karaciğer disfonksiyonu rapor edilmiştir. Açıklanamayan karaciğer disfonksiyonu durumunda, donepezil hidroklorür tedavisinin sonlandırılması düşünülmelidir.
Halüsinasyon, ajitasyon ve agresif davranışları da içeren psikiyatrik bozukluklara ait raporlar mevcuttur. Bu semptomlar doz azaltılması veya tedaviye son verilmesi ile ortadan kalkmıştır. Ayrıca anoreksi, mide ve duodenum ülseri ile gastrointestinal kanamaya ait bazı raporlar mevcuttur.
Serumdaki kas kreatin kinaz konsantrasyonlarında önemli olmayan yükselmeler görülmüştür.