Üst gastrointestinal mukozada lokal irritasyona neden olabilir. Tedavi sırasında özofagit, özofageal ülser, özofageal erozyonlar ve nadiren bunları izleyen özofageal darlık görülebilir. Şiddetli özofageal advers reaksiyon riski, alendronat aldıktan sonra uzanan ve ilacı bir bardak suyla yutmayan veya özofageal irritasyonu düşündüren semptomlar oluştuktan sonra, alendronatı almaya devam eden hastalarda daha fazla görülmektedir. Disfaji, özofageal hastalık, gastrit, duodenit veya ülser gibi aktif üst gastrointestinal problemi olanlarda dikkatle kullanılmalıdır. Şiddetli renal yetmezliği olanlarda önerilmez. Portakal suyu ve kahve ile birlikte alındığında absorbsiyonu belirgin şekilde azalır. Tabletler çiğnenmemeli veya emilmemelidir. Hastalara gece yatarken ve sabah kalkmadan önce tabletleri almamaları bildirilmelidir.Gebelerde ve süt veren annelerde kullanılmamalıdır.