Amoksilav BID ile görülen yan etkiler, genellikle hafif ve kısa sürelidir. En sık görülen yan etkiler, bulantı, kusma, diyare, deride kızarıklık, ürtiker ve vajinittir.
Ampisilin sınıfı antibiyotiklerle görülen advers etkiler şunlardır;
Gastrointestinal: Diyare, bulantı, kusma, hazımsızlık, gastrit, stomatit, glossit, mukokütanöz kandiyazis, enterokolit ve hemorajik/ psödomembranöz kolit.
Aşırı duyarlılık reaksiyonları: Deri kızarıklıkları, prurit, ürtiker, anjiyoödem, serum hastalığı-benzeri reaksiyonlar (artrit, artalji, miyalji ve sıklıkla ateşin eşlik ettiği ürtiker veya deri kızarıklığı), eritema multiforme (nadiren Stevens-Johnson Sendromu), bazı vakalarda eksfolyatif dermatit, toksik epidermal nekroliz. Bu tip reaksiyonlar görüldüğünde ilaç kesilmelidir.
Karaciğer: AST (SGOT) ve/veya ALT (SGPT) düzeylerinde hafif bir artış ortaya çıkabilir. Ancak bunun klinik açıdan anlamı bilinmemektedir. Hepatik disfonksiyon bulguları tedavi sırasında veya tedaviden birkaç hafta sonra ortaya çıkabilir. Genellikle geri dönüşümlüdür.
Renal: Seyrek olarak interstisyel nefrit ve hematüri ortaya çıkabilir.
Hematolojik ve Lenfatik Sistemler: Hemolitik anemiyi de içerebilen anemi, trombositopeni, trombositopenik purpura, kanama zamanı ve protrombin zamanında uzama, eozinofili, lökopeni ve agranülositoz görülebilir. Bu reaksiyonlar tedaviye son verildiğinde düzelmektedir. Genellikle hipersensitiviteye bağlı olduğu düşünülür.
Santral Sinir Sistemi: Nadiren, ajitasyon, anksiyete, geçici hiperaktivite, konfüzyon, konvülsiyonlar, baş dönmesi, uykusuzluk ve davranış değişiklikleri oluşabilir.