Bütün aminoglikozitlerin, ototoksik, nefrotoksik ve nöromüsküler blokaj yapıcı yan etkileri vardır. Bu yan etkiler, böbrek işlevleri bozuk hastalarda, başka nefrotoksik ve ototoksik ilaçlar kullanan hastalarda ve önerilenden uzun süre ve yüksek dozda aminoglikozit kullananlarda daha sık görülür. Nörotoksisite-ototoksisite: 8. kafa siniri üzerinden toksik etkiler işitme kaybı ve denge bozukluğuna yol açabilir. Amikasin işitme fonksiyonunu etkiler. Kokleadaki hasar yüksek frekanslarda işitme kaybına neden olur. Bu durum genellikle klinik işitme kaybından daha önce saptanır. Nörotoksisite-Nöromüsküler Blokaj: Aminoglikozitlerle yapılan tedavilerde akut müsküler paralizi ve apne görülebilir. Nefrotoksisite: Serum kreatinin düzeyinde, albuminüri, idrarda eritrosit, lökosit ve silindir, azotemi ve oligüri bildirilmiştir. Tedavinin bırakılmasından sonra böbreklerdeki işlev değişiklikleri genellikle normale döner.