Haftada 3 kez uygulanan imikimod kremle yapılan kontrollü, klinik çalışmalarda eritem, erozyon, ekskorasyon, pul pul dökülme ve ödem gibi lokal deri reksiyonları yaygın olarak görülmüştür. Endurasyon, ülserasyon, kabuk bağlama ve vezikül oluşumu daha nadir olarak kaydedilmiştir. Bu çalışmalarda eritem gibi uzak bölge deri reaksiyonları da kaydedilmiştir. Bu reaksiyonlar imikimod kremle temas eden siğil-dışı bölgelerde görülmüştür. En sık görülen deri reaksiyonları hafif ya da orta şiddette olup tedavi kesildikten sonra 2 hafta içinde kaybolmuştur.
İlacın haftada 3 kez uygulandığı çalışmalarda, en sık kaydedilen ve imikimod kreme bağlı olduğu düşünülen advers reaksiyonlar, siğil-tedavi bölgesinde ilaç uygulanan yerlerdeki reaksiyonlardır. Ayrıca hem imikimod krem kullanan hastalarda hem de plasebo krem hastalarında başağrısı, grip-benzeri semptomlar, ve miyalji gibi sistemik advers reaksiyonlar da kaydedilmiştir.